O apache precisa ter o "mod_rewrite" ativado para as URLs amigáveis funcionarem. E claro, renomear o htaccess.txt para .htaccess.
O sh404SEF gerencia as URLs sozinho. As outras extensões que indiquei agem em cima do SEF do Joomla, por isso para elas habilite o SEF na confoguração global, menos a terceira opção do sufixo.
Você colocou os plugins para Kunena e JomSocial para o sh404SEF? Antes de acessas as URLs SEF, abra a página inicial do seu site. A geração das URLs quando o site é acessado. Para gerar tudo de uma vez, abra o mapa do site pelo admin do XMap que ele vai gerar todas as URLs de uma vez. Tem que fazer isso, porque acessar uma URL não gerada vai dar erro 404 mesmo.
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