Backup do banco de dados, das tabelas relativas aos usuários:
jos_core_acl_aro
jos_core_acl_aro_groups
jos_core_acl_aro_map
jos_core_acl_aro_sections
jos_core_acl_groups_aro_map
jos_groups
jos_users
1. Faça uma nova instalação do Joomla (separada, para fins de testes), e restaure as tabelas listadas acima.
2. Confira se está tudo OK com seus usuários, via backend.
3. Tudo confirido e funcionando, significa que fez o procedimento corretamente.
4. Basta repetir numa instalação definitiva do Joomla.
PS: São as tabelas jos_core_acl* que guardam as informações relativas às permissões e níveis de acessos.
( ^^)