Preloader apenas para a Index

Boa noite a todos,

Andei fazendo alguns testes por aqui em relação a preloader apenas para index.
Alguns não funcionaram a contento, outros funcionaram mas aplicam preloader a todas as páginas.
Estou pensando em manter um preloader na public_html que direcione para um diretório secundário, mas isso prejudicaria minha SEO.
Não sei se faço em Flash ou em Java, qual atualmente seria o melhor em relação a SEO?
Alguém já precisou utilizar preloader apenas para index usando Joomla?
Se sim, foi bem sucedido? Como procedeu?

Agradeço a atenção de todos. Obrigado.