Vale a pena investir sim no Joomla 3 como o próprio site Joomla diz:
Joomla 3.1 is the newest version, recommended for most new installs.
Joomla 3.1 é a versão mais recente, recomendada para a maioria das instalações novas (tradução livre). Porém eles dizem que usuarios do Joomla 2.5 não necessitam migrar para o joomla 3.1 - Joomla 2.5 users do not need to migrate to Joomla 3.1.
A versão 2.5 é uma versão Long Term Support (com suporte longo) e terá suporte de atualização até 2014 quando será substituída pela versão 3.5, porém de maneira nenhuma a versão J2.5 deixará de funcionar, somente não receberá mais atualização assim como acontece hoje com o J1.5 que existe diversos sites ainda funcionando com esta versão (de repente até vamos encontrar algum site com a versão J1.0) porém sem receber mais atualização oficial.
A versão 3.5 está prevista para primavera de 2014 (de março a junho).
Mais antes de sair fazendo uma reformulação geral do seu site veja se as extensões usadas por você já possui suporte ao Joomla 3.
Dicas de Leitura
http://www.joomla.org/announcements/rel ... eased.html
http://joomlaonline.org/blog-joomla-onl ... lizar.html
Boa sorte
