Outro site dentro de um antigo à partir do antigo

Olá.

Tenho um site dentro de um servidor e gostaria de expandi-lo.

ex:
<!-- w -->[url=http://www.site.com.br" onclick="window.open(this.href);return false;]www.site.com.br[/url]<!-- w -->
<!-- w --> www.site.com.br/outro <!-- w -->

Aí eu quero criar este outro site, com nova administração, porém, eu queria fazer com base no site que já está pronto. Eu copiei os arquivos do site para dentro da nova pasta, mas, fazendo isto, as alterações feitas no 'outro site', afetam também o site antigo.

Existe alguma maneira de fazer com que essas alterações sejam apenas na nova versão do site?

utilize o akeeba que fica mais facil, você vai precisar criar outro banco tambem, não é apenas copiar os arquivos para uma nova pasta, compreende? vai com o akeeba que não tem erro.

abraço