Olá, antes de tudo faça o backup completo do site.
Olhe os arquivos da sua hospedagem, devem tar assim
www - onde ta a instalação do seu joomla antigo
www/Jupgrader - onde ta a instalação do seu novo joomla.
Basta apenas você deletar o conteudo do www e mover os arquivo da pasta Jupgrader para a raiz do site.
Agora basta você configurar o arquivo configuration.php para se adequar a nova alteração e pronto <!-- s;) --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_e_wink.gif" alt="
" title="Piscada" /><!-- s;) -->