Se você quiser apenas deixar de exibi-lo vá em >Extensões> Administrar módulo. Nos filtros de pesquisa, selecione o tipo mod_mainmenu ou simplesmente encontre o nome de módulo na lista. Clique sobre ele. Na tela de edição do módulo clique em "Não" para a propriedade "Habilitado".
Se você quiser excluir o menu vá em >Menus> Administrar Menus. Selecione o menu que deseja excluir e clique em "Remover".