Erros "incompreensíveis" na migração localhost-online

Pessoal, já possuo experiência na migração Wordpress e Joomla, de localhost para web, mas desta vez, a coisa tá fo%$! <!-- s:evil: --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_evil.gif" alt=":evil:" title="Mal ou Muito Furioso" /><!-- s:evil: -->

Contratei um serviço de hospedagem do Hotel da Web e não consigo de jeito algum fazer o site funcionar 100% nele. Já virou uma coisa irritante! <!-- s:evil: --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_evil.gif" alt=":evil:" title="Mal ou Muito Furioso" /><!-- s:evil: -->

Já enviei manualmente, via Filezilla, descompactei no server, alterei o configuration.php e ocorrem 2 coisas péssimas:
1ª O site não acessa em seu domínio genérico, "site.net", só "site.net/index.php" - Alguém sabe por que isso ocorre, se em localhost estava ok?
2ª Apenas a "index.php" funciona 100%, mas ao acessar qualquer página o template não aparece e a página fica toda desconfigurada. Já instalei outro template para ver se era ele, mas o problema continua. O que pode ser?

Já apaguei tudo (do server) e refiz tudo 3 vezes e sempre ocorre o mesmo problema.
Agora, se instalar o Joomla pelo "Fantástico" ele funciona 100%.
Mas não dá (tempo/paciência) para reinstalar TUDO e RECONFIGURAR TUDO o que já fiz em localhost, pois já mexi em vários componentes, inclusive no Kunena.

Bem... irritado com a situação (pois estou fazendo tudo como manda o figurino), instalei o Akeeba para automatizar o serviço. Fiz novamente o backup, enviei para o server, descompactei com o kickstart.php, instalei, tudo ok. Mas quando mando acessar... ói o c#$%# do problema novamente.

Fiz tudo novamente mais 2 vezes, e NADA! <!-- s:evil: --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_evil.gif" alt=":evil:" title="Mal ou Muito Furioso" /><!-- s:evil: -->
Em alguns fóruns relatam que problemas assim são originários de componentes "ruins", outros, problemas nos servers, mas resposta direta ainda não encontrei.

Resultado: mais de 20 horas em 1,5 dia só dedicado à instalação e nada!
Alguém já teve algum problema assim?
Alguém sabe informar o provável por quê dos problemas supracitados?

Desde já, agradeço a leitura e possível comentário.

Para checar se é algum problema no site ou no servidor, criei um novo site em localhost, zipei, exportei, configurei e está funcionando perfeitamente online.

Ou seja: o problema está em algo no meu site. Mas o quê?
Se ele está 100% em localhost o que será que está acontecendo para ele dar problemas online?
Se é algum componente, que tipo poderia gerar tantos problemas assim? Desinstalar, perdendo todas as configurações, só para "ver" quem é a causa é "trabalho de português" para mim. Até porque poderia não dar em nada.

Tá mal a coisa aqui! <!-- s:x --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_mad.gif" alt="" title="Furioso" /><!-- s:x -->

A odisséia continua...

Comparei as linhas de código do configuration.php do site que está dando problemas (e que preciso) com as do site que consegui fazer funcionar 100%.

Observem que há algumas grandes diferenças entre os códigos:

Códigos que NÃO contém no configuration.php do site problemático, mas contém no site funcional:

var $legacy = '0';
var $offset_user = '0';
var $debug_db = '0';

Códigos que possuem valore DIFERENTES entre o site problemático e o site funcional:

var $offset = '0'; no funcional o valor é '-3'
var $sef = '0'; no funcional o valor é '1'

Sei que isso é coisa para quem entende bem de php no Joomla, mas alguém consegue diagnosticar essa situação?

E já que há esse problema, seria interessante se pudesse importar as tabelas do banco de dados (phpmyadmin) do site problemático para as do funcional, substituindo-as, para em seguida, substituir também os arquivos (menos o configuration.php), mas infelizmente o phpmyadmin não permite - dá erro quando agente manda importar tabelas que já existem (e aparentemente não há opção de importar mandando substituir as que possuem nome iguais).

Enfim, continuo batalhando (há mais de 24 horas), mas já me "desesperando" só de pensar que terei que fazer todo o site novamente - e online desta vez. <!-- s:roll: --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_rolleyes.gif" alt="" title="Virando os olhos" /><!-- s:roll: -->

CONSEGUI! <!-- s: --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_mrgreen.gif" alt=":" title="Sr. Verde" /><!-- s: -->

Após passar mais 1 hora analisando os sentidos dos códigos do configuration.php (comparando os do site que deu certo com os do que não deu), percebi e fiz a prova dos nove que a porcaria do problema era a linha var $sef = '1';. Traduzindo: os malditos problemas de SEF (urls amigáveis) do Joomla!

Bastou desabilitar (var $sef = '0' que as outras páginas funcionaram.
Ah, e no meu caso o sistema de cache ainda piorou a situação. Portanto, recomendo que deixem-no em modo padrão - desabilitado (var $caching = '0'.

Agora só falta entender por que o sistema não está acessando a home à partir do link direto (site.net), mas só está abrindo se digitar "site.net/index.php). Sei que posso alterar isso à partir do redirecionamento de links, via cPanel, mas entender o por quê é bem melhor. <!-- s8-) --><img src="{SMILIES_PATH}/icon_cool.gif" alt="" title="Tranquilo" /><!-- s8-) -->