O suporte do site disse o seguinte:
"Este é o problema, se cria um arquivo por http, sem autenticação FTP o arquivo ou pasta fica sem usuário, por esse motivo ao logar via ftp não consegue alterar o arquivo, apenas remove-lo."
Eu habilito lá nas configurações globais o ftp, mas qual usuário devo colocar para esse ftp? será que é esse mesmo o problema?