Todos os artigos: publicados; arquivos, e; na lixeira estão na tabela "jos_content", a diferença é que os artigos que tão na lixeira possuem o "state" = "-2"
Para limpar a lixeira usando o myPHPadmin use o SQL DELETE FROM `jos_content` WHERE state='-2' na tabela "jos_content" do banco de dados.