É possível criar conexões com vários bancos de dados usando o JDatabase:: getInstance () method.
O seguinte link abaixo mostra para um tutorial que descreve como criar um arquivo de helper que torna mais fácil para criar múltiplas instâncias JDatabase que apontam para diferentes bancos de dados.
Você pode criar as instâncias de banco de dados da seguinte forma usando a classe auxiliar personalizado.
$db = JFactory::getDBO();
$db2 = MyDataHelper::getDBO2();
$db3 = MyDataHelper::getDBO3();
Você ainda pode obter o objeto de banco de dados padrão normalmente usando JFactory.
O tutorial completo (em ingles) sobre como criar esse helper nesse link:
http://www.boolcast.com/joomla/development/using-multiple-databases-within-joomla-framework
