Por FTP não, ele só manipula arquivos e pastas.
1. Mas se tiver acesso SSH, pode descompactar como usando o teminal em seu próprio computador.
2. Se usar um gerenciador de arquivos online com função para arquivos compactados, também dá certo. É o que faço. Tenho uma instalação Joomla + ninjaExplorer apenas para essa tarefa.
( ^^)