Bem vou passar o que aconteceu comigo talvez te ajude:
1º sempre configuro o Akeeba para gerar o arquivo .zip é muito mais facil, não precisa de nenhum kickstart, dá pra extrair dependendo de alguns servidores via painel de controle(Cpanel, Painel da LocaWeb, etc..) ou ainda descompactar via SSH (PuTTy).
2º depois de descompactado, se, estou estou usando URL amigável, (arquivo .htaccess) excluo este arquivo.
3º A partir daí segue os passo (Next, Next, Próximo, Próximo).
4º Depois de restaurado entre no Administrativo, e se estiver URL amigável habilitada (que foi o meu caso) desabilite.
Tudo deve funcionar normalmente.