Galera, eu também apanhei pra caramba pra aprender isso.
Mas é mais ou menos assim:
Primeiro instala o SH 404, depois modifica o htaccess.txt para .htaccess (fica na raiz do seu site)
Em configurações globais do Joomla, na parte de SEF, ative as 3 opções.
Quando você entrar no componente SH404 do lado da direita existe um Box, acima do box tem um link para habilitar a administração avançada, clica nele.
Entra em configurações, em avançados, tem uma opção lá mais ou menos assim: without htaccess, (é combo box, são três opções, se não me engano é a primeira.)
Clique em Salvar e pronto é isso.