O problema é do Word! Ele é simplesmente horrível. Não importa o que faça, não vai dar certo.
O correto é orientar seus usuários a fazer da forma correta.
Com o JCE, há um botão de COLAR DO WORD. Esse recurso dá uma arrumada no código colado.
No admin do JCB, você pode configurar como ele lida com textos colados do Word.
Sempre deve colar com o botão COLAR DO WORD.
Se colar direto, não vai dar certo mesmo.
( ^^)